Besætningernes sundhedstilstand bestemmes både af det der traditionelt kaldes produktionssygdomme f.eks. ondartet lungesyge og af eksotiske sygdomme som f.eks. svinepest.
Sundhedskontrollen fører løbende kontrol med fravær af tabsvoldende produktionssygdomme i DanAvl besætningerne. Hver besætning har sin egen sundhedsdeklaration, som opdateres mindst en gang om måneden. Der føres også løbende kontrol med fravær af eksotiske sygdomme, hvilket sker ved særlig klinisk kontrol hver anden måned samt ved undersøgelse af blodprøver for svinepest.
KS systemet er en meget vigtig del af den smittebeskyttelse som danske svinebesætninger opretholder. Omsætning af gener via kunstig sædoverføring er en af de mest effektive måder til bevarelse af sundheden både med hensyn til produktionssygdomme og til eksotiske sygdomme.
Omsætningen af SPF avlsdyr sker i smittesikrede vogne. Omsætterne skal ved et egenkontrolprogram dokumenterer hygiejnen i bilerne. Sundhedskontrollen fører tilsyn med omsætternes egenkontrol.
